Σύμφωνα με την προφορική παράδοση, ο αρχικός οικισμός βρισκόταν στον κάμπο απέναντι από το σημερινό χωριό. Μετά το 1450 και την κατάληψη της περιοχής από τους Οθωμανούς, οι χριστιανικοί πληθυσμοί κατέφυγαν στα ορεινά για να προστατευτούν. Έτσι και οι κάτοικοι του μικρού αυτού οικισμού βρήκαν καταφύγιο στη σημερινή τοποθεσία στο βουνό Φαρμακοβούνι, χτίζοντας σταδιακά τα σπίτια τους σε πλαγιά αφιλόξενη αλλά ασφαλή.

Η αρχική ονομασία του χωριού ήταν Φοινίκη, όπως αναγραφόταν σε προικοσύμφωνα και άλλα έγγραφα μέχρι το 1900, ενώ αργότερα επικράτησε το όνομα Φοινίκιον. Η προέλευση αυτών των ονομάτων αποτελεί ως σήμερα ανεπίλυτο γρίφο. Μία εκδοχή θέλει εκείνον τον πρώτο οικισμό του κάμπου να δημιουργείται από οικογένειες προερχόμενες από την περιοχή του Δέλβινου της σημερινής Αλβανίας, όπου συναντούμε χωριό με το όνομα Φοινίκι καθώς και τα ερείπια της αρχαίας Φοινίκης των Χαόνων. Κατά άλλη εκδοχή, το όνομα του χωριού προέρχεται από τα νυφικά κοσμήματα φοινίκια, που αποτελούν και το σύμβολο του μουσείου.

Βασικές ασχολίες των ανδρών ήταν η γεωργία, η κτηνοτροφία, η αμπελουργία και η καλλιέργεια της ελιάς. Οι γυναίκες μεγάλωναν τα παιδιά, κρατούσαν το νοικοκυριό, κουβαλούσαν νερό και ξύλα και βοηθούσαν στις αγροτικές δουλειές. Επιπλέον ύφαιναν, έραβαν, κεντούσαν και έπλεκαν. Ο τόπος όμως ήταν φτωχός και η ζωή δύσκολη. Αναζητώντας διέξοδο, οι νέοι άρχισαν ήδη από το 18ο αιώνα να ξενιτεύονται στη Βουλγαρία, τη Βλαχία (Ρουμανία) και την Πόλη, ενώ από το 1900 έφταναν μέχρι και τη μακρινή Αμερική.

Η προκοπή στην ξενιτιά οδήγησε σε μια περίοδο οικονομικής και πνευματικής ακμής για το χωριό. Χτίστηκαν ωραία σπίτια, στήθηκαν πλούσια νοικοκυριά, φτιάχτηκαν σχολεία για να μαθαίνουν γράμματα τα παιδιά. Είναι χαρακτηριστικό ότι το 1900 λειτουργούσαν στο χωριό τρία σχολεία: Δημοτικό, Ελληνικό ή Σχολαρχείο (αντιστοιχούσε στις τελευταίες τάξεις του σημερινού δημοτικού και στις πρώτες τάξεις του γυμνασίου) και Παρθεναγωγείο.  

Η ανάγκη κατοίκησης σε πλαγιά και οχύρωσης των σπιτιών για την προστασία των κατοίκων προσέδωσαν στον οικισμό τα ιδιαίτερα αρχιτεκτονικά χαρακτηριστικά του. Οι κατοικίες είναι συνήθως ισόγεια ή διώροφα οικοδομήματα, έχουν χτιστεί σε άμεση σχέση με τις γειτονικές οικίες και διαθέτουν πλακόστρωτες αυλές και άλλους υπαίθριους χώρους. Το σύνολο της ιδιοκτησίας περιφράσσεται από πέτρινο τοίχο και η είσοδος γίνεται μέσω τοξωτής αυλόπορτας.  Το 1976 το Φοινίκι χαρακτηρίστηκε από το Υπουργείο Πολιτισμού ως «τόπος ιδιαίτερου φυσικού κάλλους» και «ενδιαφέρον οικιστικόν σύνολον από απόψεως χωρορρυθμιστικής και αρχιτεκτονικής λόγω των εις καλήν κατάστασιν και άνευ νεωτερικών μετασκευών σωζομένων οικοδομών του».